يقع هذا المخطوط في تسعين بابا تتناول ترجمة الكتب السابقة في علوم الكيمياء والطيور وعجائب الحيوانات والطير المأكول وماء البحر والأسماك وحيوانات البر والأفاعي والحشرات، وغيرها. ومن بينها أيضا الباب (الرابع عشر) في الأحجار والمعادن، وقيمة الجواهر، والأدلة والبراهين من الكتاب والسنة عن تفضيل بعض الأحجار مثل الياقوت. ويتناول باب آخر (الثامن والثلاثون) تكوين المعادن وخواصها ومنافعها. وتعالج بقية موضوعات المخطوط الأدهان من النبات والأزهار والشجر، وقواعد الطبيب ومعرفة الأدوية المناسبة لكل حالة، وخواص اللحوم ومنافعها، والألوان، وخواص المياه، وعلاجات البدن: وغيرها. ويذكر باب المعادن والأحجار وهيئة تكوينها بأن الأحجار قد تولدت من الماء بالأرض، مع حرارة الشمس زمنا طويلا: فتصلبت وصارت لها قوة. ويتناول هذا الباب أيضا الأحجار الغالية ذات القيمة، ويؤكد على أن الأحجار الصغيرة (الدر) هي أنفع الأحجار. ويحدد قيمة الحجر بمعرفة رتبته ومنافعه ووزنه وبياضه وحمرته. ويؤكد بأن الذهب هو أشرف المعادن وأعلاها قدرا وأغلاها ثمنا وأثقلها وزنا: وهو لا يفنى ولا يصدأ، ولا يتغير. ويختم المخطوط بالمواد المساعدة في العلاجات، مثل الطباشير والطين والغسولات (المطهرات).