بدأ ابن يونس العمل في هذه الأزياج حوالي سنة 380 هجرية / 990م على جبل المقطم بالقاهرة في المرصد الذي أنشأه الخليفة الفاطمي الحاكم بأمر الله وقد نسب هذا الزيج إلى الخليفة الفاطمي الحاكم بأمر الله وعرف بالزيج الحاكمي الكبير، ويقع في أربعة مجلدات. وقد قال فيه ابن خلكان "وهو زيج كبير رأيته في أربعة مجلدات ولم أر في الأزياج على كثرتها أطول منه وهو على هيئة جداول فلكية عديدة وتضمن تجديد مواقع 277 مدينة. وسبقت الجداول مقدمة لكيفية استعمال الجداول ونجد فيها تصحيحاً لكثير من الأرصاد السابقة. ومن هذا الزيج الحاكمي نسخة نادرة وضعها ابن يونس ترجمت إلى الفرنسية على يد كوسان الفرنسي سنة 1804م، والمخطوطة التي ترجم عنها كوسان محفوظة في مكتبة جامعة ليدن بهولندا، وليس هناك ما يثبت كيف نقلت هناك ولا شك أنها من النسخ التي نقلت من نحو 700 سنة. وكانت توجد بعض النسخ منها في مكتبة الأزهر، ومن الممكن أن تكون مخطوطة ليدن جزءاً من إحدى النسخ الأزهرية التي تفرقت أو دمرت في العصور الوسطى. ويرى كوسان أن مخطوطة ليدن تحتوي على نصف الأرصاد الأصلية التي قام بها ابن يونس. ويبدو أن هذا الزيج كان يشتمل أصلاً على مقدمة طويلة و81 فصلاً، ذكر موضوع كل منها في المقدمة. وتنتهي مخطوطة ليدن عند الفصل الثاني والعشرين: وتكمن قيمة هذا المخطوط كذلك فيما قدمه من معلومات حول محاولة العلماء في عهد الخليفة المأمون العباسي قياس محيط الأرض.