نشأت أسرته بمدينة مالقة الأندلسية، والأندلس يُستعمل للإشارة إلى حكم المسلمين في كلٍّ من إسبانيا والبرتغال الآن، وهي تسمية مشتقة من اسم قبائل الوندال التي كانت تسكن هذه المنطقة قبل الفتح الإسلامي، وهو ما يقابل مصطلح (شبه جزيرة إيبيريا)، وكانت الأندلس في تلك الفترة تعيش أزهى عصورها العلمية، فقد نبغ فيها عددٌ من العلماء في الطب والصيدلة، وقد ترعرع ابن البيطار في كنف هذه المدرسة الأندلسية الشهيرة. تلقى ابنُ البيطار أصول علم الصيدلة على عدد من شيوخ الصيدلة في ذلك العصر، وأبرز هؤلاء العلماء شيخه أبو العباس النباتي، الذي كان يجمع النبات في منطقة أشبيليه، وقد أتقن ابن البيطار في صغره دراسة كتاب ديسقوريدس "المادة الطبية"Materia Medica حتى بلغ فيه مبلغًا لا يجاريه فيه أحد، كما درس كتب جالينوس. وحينما بلغ العشرين من عمره بدأ رحلاته العملية في علم الأعشاب، فجاب شمال إفريقيا بغرض البحث والدراسة، وكان في تلك الرحلات يقوم بمعاينة النباتات والتحقق بنفسه من أشكالها وخصائصها، كما كان يلاقي الفضلاء في هذا المجال في كل بلد ينزل به، ويقوم بالدراسة النظرية والعملية جنبًا إلى جنب. وعندما وفد إلى مصر في عصر الملك الكامل الأيوبي، كان الملك الكامل يعتمد عليه في هذا الفن؛ ولذلك عينه رئيسًا على العشابين في الديار المصرية، وحينما توفي الملك الكامل استمر ابن البيطار في خدمة ابنه الملك الصالح نجم الدين أيوب. انتقل ابن البيطار إلى دمشق حيث بدأ في دراسة نباتات سوريا، وكان ابنُ أبي أصيبعة قد التقاه هناك فقال؛ إنه شاهد معه في ظاهر دمشق كثيرًا من النبات في مواضعه، كما قرأ عليه تفسيره (أي تفسير ابن البيطار) لأسماء أدوية كتاب ديسقوريدس، فكان يجد من غزارة علمه ودرايته وفهمه شيئًا كثيرًا. كما كان ابن أبي أصيبعة يجلب له عددًا من الكتب المؤلفة في هذا الفن، فكان يذكر أولًا ما قاله ديسقوريدس باللفظ اليوناني على ما قد صححه في بلاد الروم، ثم يذكر ما قاله فيه ديسقوريدس من نعته وأفعاله وصفته، كما يذكر ما قاله فيه جالينوس، كما يذكر أيضًا جملًا من أقوال المتأخرين وما اختلفوا فيه، كما يذكر مواضع الخطأ والخلط الذي وقع فيه هؤلاء ويحدده ويصححه. ويقول ابنُ أبي أصيبعة، إنه كان يراجع معه تلك الكتب، فكان يجده لا يغادر شيئًا مما فيها، وقد بلغ من الدراية والفقه بكتب ديسقوريدس وجالينوس أنه ما كان يذكر دواءً؛ إلا ويحدد موضعه في أيِّ مقالةٍ هو من كتب ديسقوريدس وجالينوس، بل وفي أي عدد من جملة الأدوية المذكورة في المقالة. ويتميز المنهج الذي اتبعه ابن البيطار في مؤلفاته بأنه منهج علمي صحيح، يتماشى مع القواعد العلمية المتعارف عليها في كلِّ زمانٍ ومكان، إذ اعتمد على وسيلتين: الأولى هي النقل؛ وفيها تحرَّى الدقة والصدق والأمانة، وقد نقل عن العلماء الموثوقين من السابقين عليه في هذا الفن، بدءً من ديسقوريدس وجالينوس وأبقراط وابن سرابيون، وأبي العباس النباتي وابن وحشية وابن جزلة وابن الهيثم وابن سينا والغافقي وغيرهم، وكان يقف من هذه المؤلفات موقفًا نقديًّا، فيصحح ما وقعوا فيه من وهم وتصحيف، والوسيلة الثانية: هي العمل الميداني الذي يعتمد على المشاهدة والتجربة. وبهذا فقد أورد ابن البيطار ثبتًا حافلًا من البيانات الهائلة عن الأدوية النباتية والحيوانية والمعدنية، والذي يحوي كثيرًا من المعلومات المفيدة القيِّمة.