يضم هذا المخطوط مائة فصل تتناول موضوعات متنوعة: من بينها المعادن الأصلية الثابتة السبعة التي هي: الذهب، الفضة، الحديد، القصدير، النحاس، الرصاص، والزئبق، وأنصاف المعادن التي هي الكبريت والشب والأملاح بأنواعها. ويتعرض المخطوط لطرق دخول المعادن في صناعة الأدوية: كشراب وحبوب ودهانات. ويتناول المخطوط أيضا طرق تحضير المعادن لتصير سوائل صالحة للشرب، تنفع في علاجات طبية مختلفة: وذلك بتذويبها في ماء به مواد بلورية (ملح البارود) وبلورات مائية من كبريتات ثنائية سهلة الذوبان (الشب). ويتحدث جابر بن حيان في فصل من المخطوط عن صناعة الكيمياء: وأنها شيء عظيم، وهي لازمة في الطب والجراحة، وكذلك العلم الكيماوي هو أساس صناعة فصل المواد السائلة عن غيرها باستخدام البخار (التقطير) لإنتاج المياه المقطرة، وأصنافها المحفوظة في دكاكين العطارين، وكذلك تستخدم في تركيب شرابات الأدوية. أضاف بأن أول فعل في الكيمياء هو الاستعداد والتحضير بتنظيف المعدن الذي بين يدي الصانع من كل ما علق به حتى يصير نقيا (تهيير المعدن، أو المهيار)، ثم وضع المعدن في كوز مصنوع من الطين المحروق في النار حتى يصير دقيقا (يكلس المعدن)، ثم العدن الجامد يصير سائلا بالصهر (الحلّ)، ثم تجميد المعدن بعد أن كان سائلا حتى يصير قرصا (التجميد)، ثم سحقه حتى يصير كالرمل والغبار. وهذه العمليات المتوالية بالترتيب الذي رتبه جابر بن حيان هي أساس صناعة المعادن لاستخدامها في الأدوية والعلاجات المتنوعة. وينتهي الكتاب الثالث في هذا المخطوط بتسمية كل معدن من المعادن السبعة الثابتة بأسماء الكواكب السبعة السيارة: الذهب يسمى الشمس، الفضة تسمى القمر، الحديد يسمى المريخ، الزئبق يسمى عطارد، القصدير يسمى المشترى، الرصاص يسمى زحل، النحاس يسمى الزهرة، وإلى هنا ينتهي المخطوط.