ينتسب المؤرخ ابن عبد الحكم إلى إحدى الأسر العربية التي جاءت إلى مصر في القرن الأول الهجري، ونزلت في بلدة الحقل بالقرب من أَيَلَه (العقبة)، وفي القرن الثاني للهجرة انتقل أفراد هذه الأسرة إلى الفسطاط، واهتم أبناؤها بالدراسات الدينية كما تولوا المناصب الكبرى في البلاد، وقاموا بدور هام في توجيه أحداثها السياسية. وكان والد عبد الرحمن بن عبد الله بن عبد الحكم يعمل بوظيفة "صاحب المسائل" وهي وظيفة لا ينالها إلا العلماء الأمناء؛ لأن القائم بها يتولى مهمة التحري عن الشهود الذين يترددون على مجالس القضاء ضمانًا لسير العدالة. وعندما بلغ ابن عبد الحكم الثانية عشرة من عمره شاهد مجيء الإمام الشافعي إلى مصر عام 199هـ، ونزوله ضيفًا على والده الذي اشتهر بالكرم والحفاوة بالعلماء، ثم تولى والده بعد خمس سنوات من مجيء الشافعي رئاسة جماعة المالكية، ووجد ابن عبد الحكم في إخوته الكبار أساتذةً له؛ إذ كانوا ثلاثة من أكبر علماء مصر وفقهائها. شاهد ابن عبد الحكم أُولى النكبات التي حلت بأسرته وهو في السابعة والعشرين من عمره؛ إذ اعترض جماعة من كبار أهل مصر على تعيين الخليفة المأمون العباسي لأخيه المعتصم حاكمًا على بلادهم، وكتبوا إلى الخليفة بذلك، وعندما جاء المعتصم إلى مصر ألقى القبض على عدد منهم، ومن بينهم عبد الله بن عبد الحكم، ورغم عدم ثبوت أيِّ تهمة عليه إلا أنه ظل سجينًا حتى توفي (214هـ / 829م). وبعد وفاة والده بثلاثة عشر عام، حلت بإخوته نكبةٌ أخرى؛ بسبب مشكلة خلق القرآن التي أثارها المعتزلة أيام الخليفة المأمون، ولم تسلم تلك الأسرة من الأذى، ذلك أن الخلافة بعثت بعمالها إلى مصر لتتحرى عن أموال أحد الثائرين عليها، واسمه ابن الجروي، حيث أُلقي القبض عليه ثم ترامت الشائعات بأنه أخفى شطرا كبيرا من أمواله عند أسرة ابن الحكم؛ ولذا أمرت السلطات بالقبض عليهم ومن بينهم المؤرخ ابن عبد الحكم نفسه، وعُقدت لمحاكمتهم جلسة تولى النظر فيها القاضي ابن أبي الليث، الذي سبق أن شَهَّر بهم في محنة خلق القرآن. وعُرفت هذه القضية باسم "قضية بني عبد الحكم" بسبب الأحكام القاسية التي نزلت بهم؛ إذ حكم ابن أبي الليث على أبناء هذه الأسرة بغرامةٍ مقدارها مليون ونصف مليون دينار تقريبا، وتبع ذلك اتخاذ الإجراءات القضائية لتحصيل تلك الغرامة الباهظة من حيث مصادرة أموالهم وممتلكاتهم، كما زج بهم في السجون، ومات أكبر أفراد الأسرة في السجن، وبعد ثلاثة أشهر من تلك المحاكمة الباغية اتضحت براءتُهم؛ ولذا أمرت الخلافة بإلقاء القبض على القاضي ومحاكمته، وفي نفس الوقت تم الإفراج عنهم وأعيدت لهم ممتلكاتهم، وآثر أولئك الأبناء الابتعاد عن الحياة العامة حتى لا يتعرضوا لمتاعب أخرى جديدة. يُعد عبد الرحمن بن عبد الحكم أقدم مؤرخي مصر الإسلامية وفتوحات البلدان، فهو أول مَن دَوَّن سير الفتوحات الإسلامية لمصر والمغرب بطريق التحقيق والرواية المسندة، وكان جل اهتمامه تاريخ مصر، حيث كانت مصر قاعدة لهذه الفتوحات، كما تميز في الفقه ورواية الأحاديث، وذكر الأحاديث التي انفرد بها الصحابة في مصر.