نشأ في كابُل بأفغانستان، وفيها تلقى علوم العربية والتاريخ والشريعة، بالإضافة إلى العلوم العقلية والرياضية والطبيعة، وفي سن الثامنة عشرة سافر إلى الهند لدراسة العلوم الرياضية على الطريقة الأوروبية، ثم رحل إلى مكة للحج سنة 1273هـ / 1857م، وهناك ظهرت فكرة إنشاء جامعة إسلامية، فتمكن من الاشتراك في تأسيس جمعية أم القرى، ثم عاد إلى أفغانستان وعمل بها فترة، ثم خرج منها إثر انقلاب سياسي إلى الهند سنة 1285هـ / 1868م، وفي سنة 1286هـ / 1869م وصل إلى القاهرة واستقر بها مدةً قصيرة أخذ يتردد خلالها على الجامع الأزهر، وخالط كثيرًا من طلبة العلم ثم رحل إلى إسطنبول. عاد الأفغاني إلى مصر سنة 1288هـ / 1871م، وأقام بها نحو ثمانية أعوام فوجد في مصر المُناخ العلمي المناسب لنشر أفكاره، والتف حول الأفغاني مجموعة كبيرة من المريدين ومن طلاب الأزهر، وأخذ الأفغاني ينشر دروسه وأفكاره بطرق متعددة، فكان أحيانا يلقي الدروس في بيته أو الأماكن العامة أو في بيوت كبار العلماء ورجال الدولة، وشجع الأفغاني بعض تلاميذه على إنشاء صحف تهتم بالأمور السياسية، منها دعوته ميخائيل عبد السيد إلى إنشاء صحيفة تنطق بلسان الوطنيين، وتنتقد سياسة الخديوي إسماعيل، ومن الجرائد التي أنشئت جريدة الوطن وجريدة مصر وجريدة الأهرام، والكوكب الشرقي، ومرآة الشرق، والمحروسة، والعصر الجديد، والتنكيت والتبكيت. ويذكر الأفغاني عن نفسه أنه في خلال سنة 1878م زاد مركزه خطرًا؛ لأنه تدخل في السياسة، وكان مما قاله مخاطبًا المصريين "إنكم معاشر المصريين...تسومكم حكوماتكم الحيف والجور...انظروا أهرام مصر وهياكل ممفيس وآثار طيبة، ومشاهد سيوة وحصون دمياط فهي شاهدة بمَنَعة آبائكم وعزة أجدادكم، هبوا من غفلتكم واصحوا من سكرتكم، عيشوا كباقي الأمم أحرارا سعداء"، ويذكر ألفريد سكاون بلنت 1342هـ / 1924م هذه الحقبة قائلًا "إن الفضل في نشر هذا الإصلاح الديني الحر بين العلماء في القاهرة، لا يعود إلى عربي أو مصري أو عثماني، ولكن إلى رجل عبقري غريب يدعى السيد جمال الدين الأفغاني". قامت في مصر جمعيتان سياسيتان هما: مصر الفتاة، والحزب الوطني، ساهم فيهما الأفغاني، وذلك بعد أن حل الخديوي إسماعيل مجلس شورى النواب سنة 1879م، ومنذ ذاك الوقت تغيرت لهجة الأفغاني، فبعد أن كان يتحدث عن الإصلاح الديني ويراه طريقًا للإصلاح السياسي والاجتماعي، أصبح يتحدث عن ضرورة التخلص من الظلم الاجتماعي، والحكم الفردي والتدخل الأجنبي والاستبداد الواقع على أعناق المصريين، وتحدث عن الأزمة المالية، وصندوق الدين، والتدخل الأوروبي، والحرية والاستقلال. انضم الأفغاني إلى المَحفل الماسوني الأسكتلندي الذي يرفع شعار "حرية – مساواة - إخاء" وقد ضم هذا المحفل عددًا كبيرًا من عِلية القوم من مصريين وأجانب، ولكن ما إن دخله الأفغاني حتى ثارت ثائرته وأخذ يهاجه؛ لأنه شعر بجبن أعضائه وتخوفهم من التدخل في السياسة، وتنازعهم حول رئاسة المحفل دون اهتمام بشئون البلاد العامة. فاستقال الأفغاني من هذا المحفل، وأسس محفلًا آخر تابعًا للشرق الفرنسي، وسرعان ما كثر أعضاؤه، وضم هذا المحفل شُعَبًا متعددة للوزارات المختلفة، فهناك شعبة للحقانية (العدل) وأخرى للمالية، وثالثة للأشغال، ورابعة للجهاد (الدفاع)، وهكذا أصبحت لكل مصلحة أو وزارة شعبةٌ خاصة، تدرس شئونها، وتعرف ما يقع فيها من مظالم، ووجوه إصلاحها، وتتصل كل شعبة بالناظر (الوزير)، وتبلغه مظالم موظفيها في أسلوب حازم. اصطدم الأفغاني بسياسة الخديوي إسماعيل وشعر بضعفه أمام الأجانب، فذهب مع جماعة من المواطنين إلى مندوب فرنسا؛ يطالبه بمساعدة الدول الأوروبية للمصريين على إقالة هذا الخديوي، وتعيين الأمير توفيق بدلًا منه، وكان الأفغاني قد تعرف على الأمير توفيق في المحفل الماسوني، وكان توفيق يتودد إليه قبل اعتلائه العرش قائلًا له: إنك أنت موضع أملي في مصر أيها السيد، مما دفع الأفغاني إلى المناداة بتوليته، ولكن ما إن استقرت له الأمور حتى نسي وعوده وغدر به، فأمر الخديوي توفيق بطرده من مصر بإيعازٍ من القنصل الإنجليزي في مصر، فاجتمع مجلس الوزراء وقرر نفي الأفغاني من مصر، وكان ذلك سنة 1296هـ / 1879م، وكان هذا آخر عهده بمصر. عاد الأفغاني إلى الهند مرة ثالثة، وأقام في حيدر آباد منفيًا، وفي تلك الفترة كتب رسالته "الرد على الدهريين"، وعندما قامت الثورة العرابية في مصر، خشيت حكومة الهند من محاولة الأفغاني القيام بثورة مماثلة، فنقلته من حيدر آباد إلى كلكلتا وألزمته الإقامة الجبرية حتى انتهت ثورة عرابي، وبعد دخول الإنجليز مصر، أُبيح للأفغاني الذهاب حيثما يشاء فذهب إلى فرنسا، ومكث بباريس نحو ثلاث سنوات، أصدر خلالها الأفغاني بمساعدة محمد عبده جريدة العروة الوثقى سنة 1301هـ / 1884م. التقى الأفغاني أثناء إقامته بباريس بالفيلسوف الفرنسي إرنست رينان سنة 1309هـ / 1892م، ودخلا معًا في معركة حول الإسلام والعرب، فقد ألقى رينان محاضرة في السوربون عن الإسلام اتهمه فيها بمعاداة العلم، وتقييد حرية العلماء، كما اتهم العقل العربي بالقصور عن التفكير الفلسفي، ولكن الأفغاني ردَّ على محاضرة رينان في مقالة عنوانها "في العلم والإسلام وحقيقة القرآن والعمران" نشرها في جريدة "الديبا" الفرنسية سنة 1300هـ / 1883م، وبعد ردود الأفغاني شهد له رينان بصحة العلم وقوة الحجة، ورجع عن كثيرٍ من آرائه في أن الإسلام والقرآن مانعان للحضارة والعمران، وأن ما يُرى في المسلمين من الانحطاط والتقهقر؛ ناشئ عن سوء فهم أهل الجمود من رؤساء أهل الدين لحكمته. وكانت مدة إقامة جمال الدين في فرنسا، محفوفة بالتعظيم والإجلال من أكثر علمائها وفلاسفتها، واستمر بباريس حتى أرسلت بريطانيا إليه تستدعيه لمقابلة اللورد سالسبوري؛ لتسأله عن رأيه في حركة المهدي في السودان، ولكن السيد جمال الدين رفض هذا العرض قائلًا "هل تملكون السودان حتى تريدوا أن تبعثوا إليه بسلطان؟"، وبعد فترة قرر مغادرة باريس وأوروبا، والسفر إلى شبه الجزيرة العربية التي رآها بعيدة عن النفوذ الاستعماري، وأَمِلَ أن ينفذ فيها مشروعه لإقامة خلافة إسلامية، إلا أنه غير وجهته إلى طهران تلبية لدعوة الشاه ناصر الدين القاجاري، الذي أغراه باستعداده لتنفيذ أهدافه. ولم يمكث الأفغاني في طهران طويلًا، فغادرها إلى موسكو لتنسيق جهود الحركة الإسلامية مع القيصرية الروسية، ضد الاستعمار الإنجليزي في الهند ومصر، وعاش في بطرسبرج ونشر في صحفها مقالات ضد إنجلترا واستعمارها؛ شرح فيها أهداف وأطماع أوروبا في الشرق، ثم عاد الأفغاني من جديد إلى طهران، والتف حوله جمهرة من العلماء الراغبين في وضع مشروعات لإصلاح الإدارة وإقامة العدل، وسن القوانين وتنظيم حكم نيابي للبلاد؛ لتكوين حكومة ملكية شورية، وعرض هذه الإصلاحات على الشاه الذي اعترض. فرحل الأفغاني إلى بلدة شاه عبد العظيم بعدما شعر بغضب الشاه، واتخذها مركزًا لدعايته وخطبه، وكان يزوره هناك بعض الضباط والعلماء ورجال الدولة، يستمعون إلى دعوته للثورة والإصلاح، فوسوس الصدر الأعظم للشاه بخطورة هذا الوضع على مُلكه؛ فقام بطرد الأفغاني وهو مريض إلى الصرة التي رحل منها إلى لندن مرة ثانية. وفي لندن أسهم الأفغاني في إخراج مجلة شهرية أسماها "ضياء الخافقين" كانت تصدر باللغتين العربية والإنجليزية، صدر العدد الأول منها في رجب 1309هـ / فبراير 1892م، وكان يوقع مقالاته باسم السيد الحسيني، هاجم فيها الشاه، كما سعى من خلال هذه الجريدة إلى تقوية التواصل بين الغرب والشرق. دعا السلطانُ عبد الحميد الأفغاني إلى إسطنبول ليعاونه على نشر التعاون الإسلامي، واستجاب الأفغاني للدعوة، ولقي هناك حفاوة كبيرة وأجرى عليه السلطان راتبًا شهريًّا، وخُيل للأفغاني أنه يستطيع بمعونة السلطان أن يوسع دائرة إصلاح البلاد الإسلامية؛ فوضع خطته لجامعة إسلامية، يؤلف بها بين الفرس والأفغان والعثمانيين بنوع من الاتحاد أو الحلف، ثم رسم منهج إصلاح الإدارة وإصلاح التعليم في الدولة العثمانية ودعا السلطان إلى الحكم الشوري، واتفقا على تكوين جامعة إسلامية تضم كل مسلمي العالم، ولكن سرعان ما اختلف مع السلطان عبد الحميد، فحاول السفر عن إسطنبول. وواجه الأفغاني في إسطنبول خصمًا لدودًا هو أبو الهدى الصيادي؛ الذي حاك حوله الحيل والمؤامرات، وأوقع ما بين السلطان وجمال الدين، وضاع أمل الأفغاني في تعاون السلطان، فأخذ ينقده في مجالسه الخاصة، وفي إسطنبول التقى الأفغاني بالخديوي عباس حلمي الثاني، بدون موافقة السلطان، وأشاع الجواسيس أن جمال الدين قد تعاهد مع الخديوي على تأسيس دولة عباسية؛ ليكون خليفة للمسلمين مما أغضب السلطان ففرض عليه إقامة شبه جبرية. وبعد فترة أصيب الأفغاني بمرض السرطان، ويقال إن طبيبه قد دس له السُّم أثناء علاجه، وبعد أن مات في إسطنبول نُقِل جثمانه إلى كابل بأفغانستان.