اختُلف في تاريخ ميلاده حيث ذُكر أنه ولد سنة (155هـ / 771م) كما ذكر أنه ولد سنة (179هـ / 796م) وكان ذا النون المصري ذا مكانة مرموقة في عصره، وله أثر عظيم في الفكر الصوفي؛ إذ إنه أول من تكلم في الأحوال والمقامات والحب الإلهي، والكشف وعلم الباطن، واشتهر بدعائه المستجاب. اهتم بعلم الحديث صغيرًا، وكان من جملة مَن رووا الموطأ، وقد سُئل عن السبب في انصرافه عن الاشتغال بعلم الحديث، فقال "للحديث رجال، وشغلي بنفسي استغرق وقتي". وذو النون يعني صاحب الحوت، وقد لُقِّب به - فيما قيل - لكرامةٍ ظهرت له، تشبه في بعض عناصرها ما وقع لنبي الله يونس عليه السلام، ومضمون هذه الكرامة أنَّ امرأة ابتلع ولدَها التمساح فجزعت عليه، فلما رأى ذو النون حُرقتها على ولدها أتى النيل، ودعا الله سبحانه وتعالى أن يظهر التمساح، فخرج إليه فشقَّ جوفه وأخرج ابنها حيًّا سليمًا. بحث ذو النون عن علم جديد لم يألفه العلماء، وهو علم الباطن، الذي كان سببًا في خصومة بينه وبين من عاصروه من العلماء، لأنه علم جديد لم يسلكه أحد من قبل، ولهذا أنكروه عليه، وسلك طريقًا غير طريقهم، فاتهمه معاصروه بالزندقة، وحاولوا الإيقاع بينه وبين الخليفة المتوكل واصفينه بأنه: أحدث علمًا لم تتكلم به الصحابة، فاستحضره المتوكل إليه في بغداد، ويقال إنه لما دخل عليه وعظه فبكى، فرده إلى مصر مكرمًا. يعد ذو النون المصري من أوائل رجال الصوفية، وينتمي إلى الطبقة الأولى التي تلت طبقة التابعين، وواحد من الذين أسسوا صرحه، وكان بسيرته نموذجًا للصوفي العامل العالم الذي يتبع هدي الشرع، ويعمل بمقتضى الكتاب والسنة، وكان إمامًا في العلم والمعرفة، وقد تركت تعاليمه صداها في المشرق والمغرب، وكان له منزلة كبرى في نفوس كل من عرفوه. ومن كلامه الذي اشتهر به: "إذا صحت المناجاة بالقلوب استراحت الجوارح"، وقوله "سقم الجسد في الأوجاع، وسقم القلوب في الذنوب، فكما لا يجد الجسد لذة الطعام عند سقمه، كذلك لا يجد القلب حلاوة العبادة مع ذنبه". وعن علامات التوفيق لدى الإنسان يقول "ثلاثٌ من علامات التوفيق: الوقوع في عمل البر بلا استعداد له، والسلامة من الذنب مع الميل إليه، وقلة الهرب منه، واستخراج الدعاء والابتهال، وثلاثٌ من علامات الخذلان: الوقوع في الذنب مع الهرب منه، والامتناع عن الخير مع الاستعداد له، وانغلاق باب الدعاء والتضرع". وقال "الأنس بالله نورٌّ ساطع.. والأنس بغير الله سُمٌّ قاطع"، ويقول عن البلاء بالنسبة للمؤمن "البلاء ملح المؤمن فإذا عدمه فسد حاله"، وعن عشاق الخلوة يقول "من أحب الخلوة، فقد تعلق بعمود الإخلاص، واستمسك بركن كبير من الصدق"، وعن حب الناس للدنيا يقول "إنما أحب الناس الدنيا؛ لأنه تعالى جعلها خزانة أرزاقهم فمدوا أعينهم إليها". ومن أجمل ما قيل عن العبودية "العبودية أن تكون عبده في كل حال، كما هو ربك في كل حال"، وقال "ثلاثة من أعلام الإيمان: اهتمام القلب بمصائب المسلمين، إرشادهم إلى مصالحهم وإن كرهوه، بذل النصيحة لهم"، وعن الواجب في معاملة كل من هو متكبر، قال "لا تتواضع لمتكبر فتذل نفسك في غير محل، وتُكبر نفسه بغير حق". ومما قيل عنه، ما ذكره ابن خلكان "كان أوحد وقته علمًا وورعًا، وهو معدود في جملة من روى مُوَطَّأ الإمام مالك رضي الله عنه"، وذكر ابن يونس عنه في تاريخه "أنه كان حكيمًا فصيحًا، وكان أبوه نوبيًّا، وقيل من أهل أخميم مولى لقريش"، وقال عنه الإمام القشيري "إنه كان فائق الشأن، وأوحد وقته علمًا وورعًا وحالًا وأدبًا ومقامات أهل الولاية". وقال الذهبي في الميزان "كان زاهدًا، عارفًا، وكان ممن امتُحن وأوذي، لكونه أتاهم بعلم لم يعهدوه، وكان أول من تكلم بمصر في ترتيب الأحوال، وفي مقامات الأولياء، فقال الجهلة: هو زنديق"، وقال الدرقطني "روى عن مالك أحاديث فيها نظر"، وقال عنه ابن يونس "كان عالمًا فصيحًا حكيمًا، امتحن وأوذي لكونه أتاهم بعلم لم يعهدوه.. وكان أول من تكلم بمصر في ترتيب الأحوال وفي مقامات الأولياء"، وقال الإمام أبو عبد الرحمن السلمي في طبقاته "إن ذا النون روى حديثًا بسنده عن ابن عمر، والحديث هو: قال رسول الله (صلى الله عليه وسلم) الدنيا سجن المؤمن وجنة الكافر". اشتغل ذو النون بالطب والكيمياء؛ ولهذا فقد عدَّه القَفْطي في طبقة جابر بن حيان، وذكر ابن النديم في الفهرست أنه كان له أثر في الكيمياء، وقال عنه نيكلسون: ويبدو أن اشتغال ذي النون بالكيمياء والطب ما يفسّر لنا السبب في ملازمته للبراري، وهي المعابد الفرعونية القديمة، فقد ذكروا من سيرته أنه كان كثير العكوف على المعابد، وهذه المعابد كانت مهدًا لعلوم الكيمياء، حيث استطاع أن يحل رموزها الهيروغليفية القديمة. توفي في ذي القعدة سنة خمس وأربعين ومائتين، وقيل: ست وأربعين، وقيل: سنة ثمان وأربعين، وقد حُمل في مركب خوفًا من انقطاع الجسر لشدة الزحام من كثرة الناس، ودفن في مقابر أهل المعافر بالقرافة الكبرى، قريبًا من قبر عقبة بن عامر الجُهَني أحد صحابة رسول الله (صلى الله عليه وسلم) وقيل إن ذا النون وعقبة وعمرو بن العاص في قبرٍ واحد. ويقول علي مبارك في الخطط التوفيقية عند الحديث عن مدينة إخميم "وقبره من القبور السبعة بالقرافة الكبرى، وتزورها الناس يوم السبت قبل طلوع الشمس لقضاء الحوائج، وهي قبر ذي النون المصري، وقبر أبي الخير الأقطع، وقبر أبي الربيع المالقي، وقبر القاضي بكار بن قتيبة، وقبر القاضي كنانة، وقبر أبي بكر المزني، وقبر أبي الحسن الدينوري رضي الله عنهم".