وُلد ابنُ يونس المصري في بيت فضلٍ وعلم، واُختُلف في تحديد تاريخ ميلاده، وكان أبوه عبد الرحمن من كبار المؤرخين ورواة الحديث، وجده الأعلى هو يونس بن عبد الأعلى من كبار فقهاء الشافعية في زمانه. حفظ القرآن وهو طفل، وحفظ الكثير من الأشعار، وكان متفننًا في الضرب بالعود، بارعًا في الشعر، اهتم بدراسة علم الفلك على وجه الخصوص، حتى وعى المعارف الفلكية التي انتهت إليه، وبدأ يفكر في عمل جداول فلكية خاصة به يصحح بها أرصاد السابقين، ويدون فيها ما يكتشفه من المعارف الفلكية، ويعتبره بعض العلماء مؤسسَ علم الفلك الحديث، وأُطلق اسمه على إحدى مناطق السطح غير المرئي من القمر. توصل ابن يونس عن طريق حساباته الرياضية وأرصاده الفلكية إلى أنه سيحدث في سماء مصر كسوفٌ للشمس عام 977م، وخسوفٌ للقمر عام 978م، وأعلن توقعه هذا لصديق أبيه المؤرخ ابن زُولاق وهو يزوره في مرصده بحلوان، فنقل ابن زُولاق هذه النبوءة إلى الوزير يعقوب بن كِلِّس، فنقلها إلى الخليفة الفاطمي العزيز بالله، وفي اليوم المحدد والساعة المحددة بعد عام، رأى الخليفة العزيز بالله ووزيره يعقوب كسوفَ الشمس رأي العين، فأمر يعقوب أن يدعو عليًّا للقائه. أنجز ابن يونس عمله الفلكي الأول، وكان هذا العمل عبارة عن جداول فلكية خاصة بمصر، وصارت هذه الجداول معروفة بين الخاصة باسم زِيج ابن يونس، والزيج هو لفظةٌ فارسية الأصل، تعني الجداول الرياضية الفلكية. اهتم به الخليفة الفاطمي العزيز بالله لِما أدرك من قدراته العلمية؛ فتعهده بالرعاية وبنى له مرصدًا على جبل المقطم، وكان مرصدا يليق بإمكانيات دولة، بخلاف مرصده المتواضع بحلوان، إلا أن الخليفة العزيز بالله توفي، وتولى ابنه الخليفة الحاكم بأمر الله، وكان دون الثانية عشرة من العمر، فخضع تلك الفترة للوصاية؛ وبالتالي توقف مشروع المرصد إلى حين. وبعد أن استلم الخليفة الحاكم بأمر الله من أوصيائه الحكم ظهرت ميوله للعلم والعلماء، فأعاد مشروع أبيه في نفس المكان الذي اختاره ابن يونس في سفح المقطم، وصار ابن يونس صديقا للخليفة الحاكم، ولوزيره الحسين بن جوهر الصقلي من ذلك اليوم. تُرجمت جداول ابن يونس الفلكية إلى اللاتينية، وظلت حتى القرن السابع عشر الميلادي أكملَ الجداول الفلكية وأتمَّها، والمرجع المفضل في العصور الوسطى؛ فقد حلت محل كل الجداول الفلكية الأخرى، وتَرجم المستشرقُ الفرنسي كوسان الزيجَ الحاكمي الكبير ونشره في باريس عام 1804م، وعنه يقول الفيلسوف وعالم الاجتماع الفرنسي جوستاف لوبون "وضع ابن يونس في القاهرة زيجَهُ الحاكمي المشهور، فأسدل ستار النسيان على كل زيج". ويصف ابن خلكان هذا الزيج بأنه أطول الأزياج، وهو ضخم للغاية فعلًا، إذ يقع في مقدمةٍ مطوَّلة وواحد وثمانين فصلا، ويشتمل على الكثير من الجداول الفلكية التي تتضمن أرصاد ابن يونس، وأرصاد أبرز علماء الفلك السابقين له مع التصحيحات التي أدخلها على هذه الأرصاد، والقيم الرصدية التي يتضمنها هذا الزيج، ومن بين ما يحتويه هذا الزيج شرحُ ابن يونس للطريقة التي اتبعها الفلكيون في عهد المأمون لقياس محيط الكرة الأرضية. ويَجدر بالذكر أن (الزيج الحاكمي) كان المعتمَد لدى علماء مصر في حساب التقاويم وتناول المسائل الفلكية، ولكن للأسف لم يصل إلينا كاملا؛ بل ظلت فصولُه متناثرة في مكتبات مختلف بلاد العالم.