يقال إنه ولد في بلاد الروم (آسيا الصغرى) وربما كان إغريقي الأصل، ولم تذكر المصادر شيئًا عن أسرته أو بلده أو أبيه، أُسر وهو صغير ثم نُقل إلى بغداد؛ حيث اشتراه تاجر حموي يدعى "عسكر بن أبي نصر إبراهيم" ثم سمي ياقوت، وهو اسم كانت تطلقه العرب على الرقيق، وأطلقوا عليه ياقوت بن عبد الله بسبب أنَّ اسم والده كان مجهولًا. تعلم القراءة والكتابة في الكتَّاب وهو صغير، ولما أتقنهما استعان به مولاه -الذي كان أميًّا- في تجارته، ثم لمَّا شب استزاد ياقوت من علوم اللغة والنحو، استعان عسكر بياقوت في الأسفار بغرض التجارة وربما كان ذلك بسبب أمانته واستقامته، فكان يتردد إلى كيش (جزيرة وسط المحيط الهندي كان سكانها من الفرس) وإلى عُمان والشام. وفي سنة 596 هـ / 1199م أعتقه سيده؛ وأشركه في تجارته، وأخذ يرسله تاجرًا إلى البلدان المختلفة، دب الخلاف بين ياقوت ومولاه؛ فاحترف ياقوت نسخ الكتب واستفاد من ذلك كثيرًا، إذ أتيحت له فرصة الاتصال بعدد من مشاهير الأدباء والرواة، ثم رجع الود بينه وبين سيده السابق فاستأنف الأسفار التجارية، ولما عاد ياقوت من إحدى الرحلات التجارية وجد مولاه قد توفي سنة 606 هـ؛ فأعطى زوجته وأولاده ما رضوا به وأبقى معه ما تبقى من المال ليتاجر به، وتخصص في تجارة الكتب. قام ياقوت بعد ذلك بالعديد من الأسفار والرحلات، بدأت سنة 610هـ / 1213م في كل من إيران وبلاد العرب وآسيا الصغرى ومصر والشام وبلاد ما وراء النهر، فجمع المواد اللازمة للمعاجم التي عقد العزم على تأليفها في أسماء البلاد وتراجم الأدباء، وفي إحدى سفرياته تعرف على القفطي وزير حلب وقتئذ، وكان هذا الوزير ميَّالًا إلى جمع الكتب؛ فدخل عليه ياقوت يحمل ما جمعه منها، ولم يرض عنه الوزير في تلك الزيارة ولا عن الكتب التي حملها. وفي خراسان قام ياقوت بالتأليف والمطالعة والنسخ، وكان مع هذا يتاجر بالكتب ويحملها ويتنقل بها بين خراسان ومَرْو ونَسا وخوارزم، على أن أكثر إقامته كانت في مرو، وكان يقول عن إقامته في مرو "وأقمت بها ثلاثة أعوام... ولولا ما عَرَى من ورود التتر إلى تلك البلاد وخرابها لما فارقتُها إلى الممات، لما في أهلها من الرِّفد ولين الجانب وحسن العشرة وكثرة الكتب الأصول المتقنة، فإني فارقتها وفيها عشر خزائن للوقف لم أرَ في الدنيا مثلها كثرةً وجَودة". وقد ختم ياقوت حديثه عن هذه الخزانات بقوله "فكنت أرتع فيها، وأقتبس من فوائدها، وأنساني حبُّها كلَّ بلد، وأنهاني عن الأهل والولد، وأكثر فوائد هذا الكتاب وغيره مما جمعته، فهو من تلك الخزائن". انتقل من مرو إلى نسا ثم إلى خوارزم، ولم يطل مقامه فيها لدخول التتار خوارزم أيضًا متجهًا إلى الغرب، إلى أن وصل إربل سنة 617هـ ثم تركها وذهب إلى الموصل، وبعد وصوله كتب رسالته الشهيرة إلى وزير حلب القفطي، وهي رسالة طويلة قصَّ فيها قصة حياته وتعبه وجهده ومعاناته في خراسان ومرو، ثم تمنى في آخر رسالته المثول بحضرة الوزير، بعد ذلك أقام ياقوت بالموصل مدة ثم تركها إلى سنجار ومنها إلى حلب. وفي حلب لجأ إلى الوزير القفطي فرحب به الوزير على مضض، وسمح له بالاطلاع على الكتب، وقد ذكر ياقوت كتب القفطي قائلًا "ولم أرَ مع اشتمالي على الكتب، وبيعي لها وتجارتي فيها أشد اهتماما منه بها، ولا أكثر حرصًا على اقتنائها، وحصل له منها ما لم يحصل لأحد"، وفي حلب استطاع ياقوت أن يجتمع بالعلماء، ويقرأ الكتب وينسخ حتى تمكن من جمع مال وفير ثم سافر إلى مصر متاجرًا. انتهى ياقوت الحموي من مسودة كتابه (معجم البلدان) في حلب سنة 621هـ / 1224م، ثم أهداه بخطه إلى خزانة الوزير القفطي، ثم عمد بعد ذلك إلى تبييض الكتاب سنة 625هـ، وأوقف ياقوت الحموي كتبه على مسجد الزيدي بدرب دينار ببغداد، وسلمها إلى الشيخ عز الدين أبي الحسن علي بن الأثير صاحب التاريخ الكبير فحملها إلى هناك.